Com o objetivo de inventariar as espécies de peixes dos sistemas hídricos da Floresta Nacional (FLONA) de Caxiuanã (Melgaço/Portel, PA), foram realizadas coletas entre os anos de 1999 e 2004, abrangendo o maior número de ambientes distinguíveis com diversos métodos amostrais. Os métodos utilizados foram redes de tapagem, rede de cerco, rede de espera, mergulho livre e encontros ocasionais. Em um total de 208 espécies de peixes registradas, foi observada a dominância da ordem Characiformes (81 espécies), seguida por Siluriformes, Perciformes e Gymnotiformes. Estas espécies estão distribuídas em três principais ambientes: (i) pequenos igarapés, (ii) vegetação flutuante e (iii) áreas abertas dos rios e baías de Caxiuanã, mostrando que a heterogeneidade ambiental reflete-se na composição da ictiofauna na área do estudo. De acordo com o estimador Jackknife de 1a ordem e a curva de rarefação, o número estimado de espécies foi expressivamente maior do que o observado para os três tipos de ambientes analisados, sendo que para os igarapés a estimativa foi de 51 ± 6 espécies, bancos de macrófitas 70 ± 5 espécies e as margens dos rios e baías com 160 ± 11 espécies. Esses resultados demonstram a eficiência relativa das amostragens, indicando a necessidade de novas coletas nestes ambientes.